醫師會利用陰道超音波輔助確認卵泡位置，再利用取卵針穿過陰道至卵巢抽取濾泡液，胚胎師立即以顯微鏡找尋卵子。
當開始施打排卵針之後，會定期追蹤濾泡大小及數目，待濾泡>1.8cm之後，便會施打破卵針(Ovidrel)，35-36小時進行取卵手術，確認取卵日後，醫師會開立取卵手術所需一切藥物，由諮詢員為您說明手術流程、注意事項、風險、效益等等，藥物的使用時間及服用方式(因此若對開立之藥物有任何問題，歡迎再致電至生殖中心詢問)，手術前一晚(12點過後)必須開始禁食，當日須有家屬陪同，待手術日將卵子取出，在追蹤濾泡期間醫師會告知有多少濾泡，但並非表示即有多少卵子，需於取卵後才能確定知道此次療程中究竟有多少卵子，多少顆是品質好的。
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